Рутокен S более 15 лет применяются в множестве российских программных, аппаратных и программно-аппаратных СЗИ и СКЗИ для хранения ключевой информации, идентификации и двухфакторной аутентификации пользователей. Устройства широко используются в системах защиты от несанкционированного доступа. Сертифицированы ФСТЭК России.